《细胞》2020.7.23

碱基编辑器效果好不好

机器学习模型能预测

虽然碱基编辑器被广泛用于基因靶向点突变，但至今为止，我们对于碱基编辑器编辑效果的决定因素有哪些并不十分了解。美国哈佛大学刘如谦团队利用11个最受欢迎的碱基编辑器，对哺乳动物细胞中约3.8万个基因位点进行编辑的数据，创建了能精准预测碱基编辑器基因编辑效果的机器学习模型BE-Hive。研究人员发现，通过对3388个疾病相关单核苷酸突变的编辑的验证，发现BE-Hive预测准确率高达90%以上，甚至准确预测出哪些等位基因不会被编辑。研究人员还利用BE-Hive模型，发现了某些碱基编辑器的“怪癖”——比如之前一般是将碱基C（胞嘧啶）变为T（胸腺嘧啶）的常规路线，有时会将碱基C变为G（鸟嘌呤）或A（腺嘌呤），从而未来可以设计全新的碱基编辑工具，改进碱基编辑器的基因编辑能力。 

《科学·转化医学》2020.7.22

治疗动脉粥样硬化

巨噬细胞暗藏作用靶点

动脉粥样硬化病变中的巨噬细胞能促进炎症和斑块的形成，但因缺乏对相关机制的深入了解，研发靶向巨噬细胞的药物一直是心血管领域的一大空白。美国哈佛大学医学院教授施进军（音译）在最新研究中发现，钙调素依赖性蛋白激酶γ（CaMKIIγ）可作为巨噬细胞的一个靶点，用一种小干扰RNA（siRNA）纳米颗粒靶向作用于它，可抑制动脉粥样硬化。他们用小鼠动脉粥样硬化模型进行实验发现，siRNA纳米颗粒靶向巨噬细胞，可促进斑块稳定，减少坏死面积，增加纤维帽厚度。这项研究表明，斑块巨噬细胞中促进动脉粥样硬化的基因可以作为siRNA纳米粒子的作用靶点，从而为治疗动脉粥样硬化的药物研发提供了新的研究方向。

《科学·信号》2020.7.21

科学家揭示口腔细菌

引发结直肠癌的机制

具核梭杆菌是一种常见的口腔细菌，此前有研究表明，这种细菌能直接侵入结直肠肿瘤，但关于这种细菌如何导致癌症仍然存在疑问。近日，美国弗吉尼亚理工大学科学家丹尼尔·斯莱德和同事，揭示了具核梭杆菌导致结直肠癌的机制。他们采用一种改良的半乳糖激酶无标记基因缺失方法发现，具核梭杆菌通过Fap2蛋白与癌细胞表面的糖类结合，以粘附并侵入癌细胞，进而刺激癌细胞释放能诱导癌细胞扩散的细胞因子IL-8和CXCL1。具核梭杆菌还能吸附并感染中性粒细胞和巨噬细胞，引起额外的促癌蛋白释放。研究人员表示，通过接种疫苗或用半乳糖苷化合物来抑制细菌与宿主细胞的结合，可能是一种减少细菌感染导致结直肠癌转移的有效策略。